在一次干燥過程中，除了樣品溫度，冷阱溫度，干燥倉壓力會影響凍干效率以外，預凍速度也影響著凍干效率。

預凍速度慢，樣品形成大冰晶，升華形成較大的孔隙，有利于升華進行，干燥速度較快。預凍速度快，凍干樣品形成細小的冰晶，升華留下細小的通道，干燥速度慢。但如果采用慢凍，溶質可能發生遷移，若在凍干樣品表面形成一層硬殼，反而會阻止升華的進行。

近年來，有研究發現，在凍干溶劑中加入一定濃度叔丁醇后，凍結時會形成針狀結晶，冰晶升華后留下了管狀通道，使得水蒸氣阻力減小，升華速率得到提高，節省了干燥時間和能耗。